Selon Bill Wirtz, l'agroécologie ne serait aujourd'hui plus une science mais une doctrine politique, qui irait à l'encontre du développement des pays les moins avancés, notamment en leur empêchant de se mécaniser ou d'accéder au commerce international.
Le GTAE, composé de 4 ONG internationales (Agrisud, AVSF, CARI et GRET), avec la contribution de Marc Dufumier (professeur émérite à AgroParisTech) a répondu à cette tribune. Le groupe de travail rappelle tout d'abord qu'aujourd'hui les limites de l'agriculture conventionnelle ont été à plusieurs reprises démontrées, et qu'il est nécessaire de changer de paradigme pour réussir à trouver une alliance plus saine entre la nature, la gestion durable des terres et les agrosystèmes.
Il précise aussi que l'amalgame ne doit pas être fait entre agriculture biologique et agroécologie: l'agroécologie repose sur la gestion en circuit court des cycles du carbone, de l'azote et des éléments minéraux. Les techniques agroécologiques visent aussi à réguler les cycles de reproduction des pollinisateurs et autres insectes auxiliaires des cultures pour maintenir une grande biodiversité domestique et spontanée. Elles reposent sur l'utilisation intensive des ressources naturelles renouvelables, mais n'excluent pas pour autant l'obtention de rendements élevés à l'hectare.
Bien qu'il soit vrai qu'un passage à l'agroécologie peut se traduire par une baisse temporaire des rendements bruts, dans les pays où l'agriculture industrielle a déjà largement dégradé la fertilité des écosystèmes, mais ce n'est pas le cas dans toutes les régions d'Afrique.
L'agroécologie ne s'oppose par ailleurs pas à la mécanisation et l'usage d'outils mécaniques, dans la mesure où ceux-ci peuvent être très utiles tant qu'ils n'engendrent pas le chômage des paysans. Finalement, la seule chose qui pourrait paraître "criminelle et immorale" serait de reproduire des systèmes seulement basés sur la génétique et l'emploi de produits coûteux et néfastes comme les pesticides, qui ne prennent pas suffisamment en compte la complexité de agrosystèmes que les paysans doivent gérer.